Нарком:
БЕРИЯ Лаврентий Павлович (с 20 июля 1941 г.), Генеральный комиссар ГБ;

Л.П.Берия

1-й заместитель наркома:
МЕРКУЛОВ Всеволод Николаевич (с 20 июля 1941 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 4 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 1-го ранга;

Заместители наркома:
АБАКУМОВ Виктор Семенович (с 30 июля 1941 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 4 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 2-го ранга;
ЗАВЕНЯГИН Авраамий Павлович (с 30 июля 1941 г.), старший майор ГБ, с 14 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 3-го ранга;
КОБУЛОВ Богдан Захарович (с 30 июля 1941 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 4 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 2-го ранга;
КРУГЛОВ Сергей Никифорович (с 30 июля 1941 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 4 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 2-го ранга [1];
САФРАЗЬЯН Леон Богданович (с 30 июля 1941 г.), старший майор ГБ, с 14 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 3-го ранга;
СЕРОВ Иван Александрович (с 30 июля 1941 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 4 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 2-го ранга;
ЧЕРНЫШОВ Василий Васильевич (с 30 июля 1941 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 21 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 2-го ранга;

Заместители наркома по войскам:
МАСЛЕННИКОВ Иван Иванович (с 30 июля 1941 г.), генерал-лейтенант, с 30 января 1943 г. – генерал-полковник [1];
АПОЛЛОНОВ Аркадий Николаевич (с 11 марта 1942 г.), генерал-майор, с 20 декабря 1942 г. – генерал-лейтенант;

Заместитель наркома по кадрам:
ОБРУЧНИКОВ Борис Павлович (с 30 июля 1941 г.), старший майор ГБ;

В.Н.Меркулов	В.С.Абакумов	А.П.Завенягин	Б.З.Кобулов
С.Н.Круглов	Л.Б.Сафразьян	И.А.Серов	В.В.Чернышов
И.И.Масленников	А.Н.Аполлонов	Б.П.Обручников

В НКВД действовали партком и комитет комсомола.

Распределение обязанностей по курированию подразделений центрального аппарата НКВД с июля 1941 г.:

[1] Убыли на фронт, обязанности заместителей наркома фактически не исполняли.