Создано Постановлением ГКО №187/сс от 17 июля 1941 г. и приказом НКВД №00940 от 19 июля 1941 г. на базе 3-го Управления НКО СССР. В начальный период войны часть Управления была эвакуирована из Москвы в Куйбышев. Постановлением ГКО от 10 января 1942 г. №1120сс и совместным приказом НКВД/НК ВМФ от 11 января 1942  г. №0075/008 на УОО было возложено также руководство контрразведкой ВМФ с передачей в его состав 3-го Управления НК ВМФ.

Постановлением СНК СССР от 19 апреля 1943 г. №415-138сс УОО было разделено на ГУКР СМЕРШ Наркомата обороны, УКР СМЕРШ Наркомата ВМФ и ОКР СМЕРШ НКВД.

Начальники:
1. АБАКУМОВ Виктор Семенович (17 июля 1941 – 19 апреля 1943 г.), комиссар ГБ 3-го ранга, с 4 февраля 1943 г. – комиссар ГБ 2-го ранга;

В.С.Абакумов

1-е заместители начальника:
МИЛЬШТЕЙН Соломон Рафаилович (19 июля 1941 – 24 сентября 1942 г.), комиссар ГБ 3-го ранга;

Заместители начальника:
КЛЫКОВ Афанасий Николаевич (17 июля – 22 августа 1941 г.), майор ГБ;
ТУТУШКИН Федор Яковлевич (22 августа 1941 – 30 июня 1942 г.), дивизионный комиссар, с 10 сентября 1941 г. – старший майор ГБ;
ОСЕТРОВ Николай Алексеевич (22 августа 1941 – 29 апреля 1943 г.), майор ГБ, с 20 сентября 1941 г. – старший майор ГБ, с 14 февраля 1943 г. – комиссар ГБ;
ЦАНАВА Лаврентий Фомич (21 октября 1941 – 19 апреля 1943 г.), комиссар ГБ 3-го ранга;

Помощники начальника – начальники 1-го отдела:
МОСКАЛЕНКО Иван Иванович (22 августа 1941 – 29 апреля 1943 г.), полковник, с 10 сентября 1941 г. – майор ГБ, с 25 июня 1942 г. – старший майор ГБ, с 14 февраля 1943 г. – комиссар ГБ;

С.Р.Мильштейн	А.Н.Клыков	Ф.Я.Тутушкин
Н.А.Осетров	Л.Ф.Цанава	И.И.Москаленко

Структура:
(утверждена Наркомом 15 августа 1941 г., объявлена приказом НКВД от 12/16 сентября 1941 г. №001305)

• Секретариат
• Оперативное отделение
• 1-й отдел (Генштаб)
• 2-й отдел (ВВС)
• 3-й отдел (бронетанковые войска, артиллерия, химические и железнодорожные войска)
• 4-й отдел (агентурно-оперативная работа в основных родах войск)
• 5-й отдел (Тыл РККА)
• 6-й отдел (войска НКВД)
• 7-й отдел (розыск, оперучет, мобработа)
• 8-й отдел (шифровальный)
• Следственная часть

В дальнейшем происходили следующие изменения:

• Постановлением ГКО №1120сс от 10 января 1942 г. и совместным приказом НКВД/НК ВМФ от 11 января 1942 г. №0075/008 на базе 3-го Управления НК ВМФ СССР был создан 9-й отдел.
• Приказом НКВД №001326 от 23 июня 1942 г. была объявлена новая структура Управления. На базе подразделений 3-го отдела был создан 11-й отдел (химические, инженерные войска, войска связи). Также были созданы 10-й (контрразведывательный) и 12-й (Главное управление формирований и комплектования РККА, ОО НКВД по внутренним военным округам, Дальневосточному и Забайкальскому фронтам) отделы.
• Приказом НКВД от 4 августа 1942 г. №001612 8-й отдел был упразднен с передачей функций в 5-й спецотдел НКВД.

Таким образом, структура УОО приняла вид:

• Секретариат
• Оперативное отделение
• 1-й отдел (Генштаб)
• 2-й отдел (ВВС)
• 3-й отдел (бронетанковые войска, артиллерия)
• 4-й отдел (агентурно-оперативная работа в основных родах войск)
• 5-й отдел (Тыл РККА)
• 6-й отдел (войска НКВД)
• 7-й отдел (розыск, оперучет, мобработа)
• 9-й отдел (РККФ)
• 10-й отдел (контрразведывательный)
• 11-й отдел (химические, инженерные войска, войска связи)
• 12-й отдел (Главупраформ, ОО НКВД по внутренним военным округам, Дальневосточному и Забайкальскому фронтам)
• Следственная часть

Начальнику УОО непосредственно подчинялись:

• ОО НКВД по гарнизону Московского Кремля

• ОО НКВД по 1-й ОМСДОН им. Ф.Э.Дзержинского

• ОО НКВД по НИИ ВВС РККА и Монинскому авиагарнизону

Численность:

Источники: СМЕРШ. Исторические очерки и архивные документы; Н.В.Петров, Кто руководил органами госбезопасности, 1941 – 1954 : Справочник