С 1984 г. флотилия находилась в подчинении Главного командования войск Южного направления (см. УОО КГБ).

Начальники:
ЛАЗАРЕВ Андрей Алексеевич (30 июля 1964 – 16 января 1969 г.), капитан 1-го ранга;
ДРАЧЕНКО Анатолий Павлович (... – 1985 г.)
УГРЮМОВ Герман Алексеевич (1985 – 1991 г.), капитан 2-го ранга, с 1989 г. – капитан 1-го ранга;

А.А.Лазарев	А.П.Драченко	Г.А.Угрюмов

Заместители начальника:
УГРЮМОВ Герман Алексеевич (1982 – 1985 г.), капитан 3-го ранга, с 1984 г. – капитан 2-го ранга;

Г.А.Угрюмов