На примере ОО КГБ по ТОФ в 50-е гг.

• Руководство (начальник, заместитель начальника, партком)
• Секретариат
• 1-й сектор (штаб и части группового подчинения)
• 2-й сектор (руководство работой подчиненных ОО)
• 5-я группа (оперативный учет)
• Следственная группа
• Шифровальная группа
• Отделение «ВЧ»
• Группа кадров
• Финансовая часть
• Комендатура

В Управлениях особых отделов (первоначально только по ГСВГ и Дальневосточному военному округу, затем по войскам направлений и внутренним войскам МВД) секторам соответствовали отделы. Кроме того, в УОО КГБ по ГСВГ существовал 3-й отдел (разведывательный), начальник УОО имел не одного заместителя, а двух, в дальнейшем была введена должность 1-го заместителя.

В 1971 г. во всех остальных ОО – УОО также были созданы 3-е отделения, 5-е подразделения сменили номер на 10-й. В середине 70-х гг. были введены должности помощника начальника ОО – УОО по кадрам, были созданы организационно-мобилизационные подразделения.