Контрразведкой на железнодорожном и водном транспорте в 1954 – 1960 г. занимались Управления и отделы КГБ по железным дорогам и водным бассейнам и уполномоченные этих УКГБ-ОКГБ на ж/д станциях. Их работой в центре руководило 6-е Управление. В 1956 г. ОКГБ по водному бассейну были объединены с УКГБ – ОКГБ по соответствующей железной дороге. В 1959 г. органы КГБ по железным дорогам, обслуживающим один регион были преобразованы в 6-е отделы территориальных КГБ – УКГБ.

11 февраля 1960 г. 6-е Управление вошло в состав 2-го Главного управления УКГБ и было преобразовано в 14-й отдел. Соответственно, 6-е отделы и оставшиеся транспортные подразделения на местах вошли в состав 2-х управлений – отделов территориальных органов. Кроме того, крупные узловые станции и морские порты обслуживались по совместительству горотделами (напр., отдел УКГБ Украинской ССР по Житомирской области по городу и ж/д станции Коростень, отдел КГБ Литовской ССР по г.Клайпеда и Литовскому морскому бассейну и т.д.).

Согласно мобилизационным планам в военное время планировалось вновь развернуть транспортные органы.

Контрразведывательным обслуживанием Гражданского воздушного флота в 1954 – 1964 г. занималось 3-е Главное управление КГБ, которому подчинялись особые отделы по управлениям ГВФ. Приказом КГБ от 17 апреля 1964 г. №0075 эти функции также были переданы 2-му Главному управлению.

[1] Список не полный.